Este programa permite tomar un archivo en formato FASTA el cual contenga dos secuencias de nucleotidos (ADN) y alinearlos de forma óptima, utilizando el Algoritmo Needleman-Wunsch
El formato FASTA, es un tipo de formato en el cual se almacenan secuencias de nucleotidos. Es un archivo de texto plano con la extensión .fasta, .fast o .fa. La estructura básica de un archivo de este formato consiste en lo siguiente: Se debe empezar con un símbolo de mayor que '>' seguido del nombre de la secuencia, en seguida un salto de linea y se procede a digitar la secuencia de nucleótidos, pero no puede sobrepasar los 80 carácteres por línea. Cuando se desee agregar otra secuencia nuevamente se escribe el símbolo de mayor que '>' con el nombre de la otra secuencia, un salto de línea y la secuencia como tal.
En el repositorio donde se encuentra almacenado este proyecto puede encontrar una carpeta llamada "secuencias_ejemplo" y allí puede encontrar varios archivos con secuencias de nucleótidos (ADN) para utilizar el programa.
El uso del software consiste en dos botones principales, el botón "Cargar archivo" mediante el cual puede subir su archivo FASTA al programa y visualizarlo en el previsualizador junto a los botones. Una vez haya cargado puede proceder a presionar el botón "Alinear secuencias" el cual alineará automáticamente las secuencias del archivo y las mostrará en el visor principal debajo de los botones. Adicionalmente, las secuencias se mostrarán de diferentes colores, las convenciones las puede encontrar debajo del visor así como también el puntaje que tuvo la alineación.
El programa puede cargar archivos de las siguientes extensiones:
Finalmente, se sugiere que la línea en la cual se ingresa el nombre de la secuencia no contenga más de 80 carácteres y no haya ningún salto de línea.